3 - protektorátní vlajka

S německou okupací byla na zásah okupační moci tato vlajka nahrazena novou protektorátní vlajkou, tvořenou třemi vodorovnými, stejně širokými pruhy v pořadí bílá, červená a modrá barva.

Zahraniční odboj si poté podržel původní čs. státní vlajku, jejíž podobu nezměnila žádná z budoucích politických či státoprávních změn postihujících československý stát v tomto období a posléze se stala i státní vlajkou samostatné České republiky.